สถาบันเอเชียศึกษา ดำเนินงานวิจัยทั้งในระดับประเทศ ภูมิภาคและประเด็นศึกษาภายใต้ ศูนย์และโครงการ ได้แก่ ศูนย์วิจัยการย้ายถิ่นแห่งเอเชีย ศูนย์จีนศึกษา ศูนย์แม่โขงศึกษา ศูนย์มุสลิมศึกษา และโครงการญี่ปุ่นศึกษา โดยศูนย์วิจัยการย้ายถิ่นแห่งเอเชีย ศูนย์แม่โขงศึกษา และศูนย์มุสลิมศึกษาได้รับการสนับสนุนจากมหาวิทยาลัยให้เป็นศูนย์เชี่ยวชาญเฉพาะทาง ศูนย์วิจัยมีคณะกรรมการบริหารศูนย์ เป็นผู้กำหนดแนวทางการดำเนินงานตามนโยบายทิศทางและยุทธศาสตร์สถาบันฯ ซึ่งสอดคล้องกับความต้องการของประเทศ และสภาพสังคมโลก อีกทั้ง ยังมีฝ่ายวิจัยทำหน้าที่ให้ความสนับสนุนและเสริมความแข็งแกร่งของศูนย์วิจัยและนักวิจัยในรูปแบบต่างๆ อาทิ การให้ทุนส่งเสริมการพัฒนาโครงการวิจัยแก่นักวิจัยรุ่นใหม่ การสนับสนุนให้นักวิจัยไปประชุมและ เสนอผลงานทั้งในประเทศและต่างประเทศ เป็นต้น โดยมีที่ประชุมนักวิจัยเป็นศูนย์กลางการแลกเปลี่ยนข้อมูลข่าวสารซึ่งกันและกัน

นอกจากนั้น สถาบันฯ ยังดำเนินงานด้านบริการวิชาการแก่สังคม ในรูปแบบต่างๆ โดยสถาบันฯ และศูนย์วิจัย ได้ร่วมกันทำหน้าที่ให้บริการวิชาการตามความเชี่ยวชาญของศูนย์ทั้งในระดับชาติและนานาชาติ เช่น การประชุม อภิปราย สัมมนาเสวนาวิชาการ บรรยาย การให้สัมภาษณ์สื่อต่างๆ การจัดทำวารสาร สิ่งพิมพ์วิชาการ เพื่อเผยแพร่ผลงานวิจัย-วิชาการ องค์ความรู้ ตลอดจนประเด็นที่เป็นความสนใจเพื่อเสนอทางออกและเป็นที่พึ่งของสังคม ภายใต้หลักคิดที่ว่า “เมื่อเอเชียมีปัญหา สถาบันเอเชียศึกษามีคำตอบ”